新疆建省之舉，清朝朝野醞釀已久，早在嘉慶二十五年(1820年)，著名政治家龔自珍撰寫了著名的《西域置行省議》，提出新疆建省設(shè)想。而后清軍收復(fù)新疆時(shí)，左宗棠在光緒三年(1877年)上呈的奏折里已提出“設(shè)行省、改郡縣，為新疆畫久安長治之策”的意見。隨后，陜甘總督譚鐘麟、欽差大臣督辦新疆軍務(wù)劉錦棠等人又?jǐn)?shù)奏論述，遂使建省之說臻于完善。光緒十年(1884年)十月，清政府發(fā)布新疆建省上諭，新疆省正式建立，按當(dāng)時(shí)率領(lǐng)清軍驅(qū)逐阿古柏入侵勢力，并從沙俄手中收回伊犁的左宗棠的奏議中言，此時(shí)新疆的內(nèi)涵是“他族逼迫，故土新歸”，意為原來是中國的領(lǐng)土，被外國入侵者占領(lǐng)后，現(xiàn)在重新又被收復(fù)回來。自后，通行“新疆”之名，再不使用“西域”一名。當(dāng)時(shí)劉錦棠被任命為首任新疆巡撫，仍以欽差大臣督辦新疆事宜。劉錦棠就任后，將迪化直隸州升為府，新疆軍政中心由伊犁移到迪化。隨即調(diào)整配置各地軍政機(jī)構(gòu)職官，伊犁將軍不再總統(tǒng)全疆軍政事務(wù)之責(zé)，駐軍制度與內(nèi)地各省基本一致。民政方面取消伯克制度，行政建置為省以下有道、府、州、縣諸級。至清末，即宣統(tǒng)元年(1909年)，新疆省行政建置下轄4道，道以下共隸有6府、10廳、3州、21個(gè)縣或分縣。   
    新疆省的建立結(jié)束了自清朝乾隆以來在新疆長期實(shí)行的軍府體制，使新疆與內(nèi)地行政建置一致，政令一致。新疆同中原地區(qū)的政治、經(jīng)濟(jì)和文化方面的聯(lián)系更加緊密。從而增強(qiáng)了防范外國侵略勢力與當(dāng)?shù)胤磩硬讼嗷ス唇Y(jié)、發(fā)動分裂叛亂的能力，促進(jìn)了新疆社會的安定和經(jīng)濟(jì)進(jìn)一步發(fā)展，鞏固和加強(qiáng)了國家的統(tǒng)一和民族的團(tuán)結(jié)。這對于新疆社會經(jīng)濟(jì)的發(fā)展和進(jìn)步，對于多民族統(tǒng)一國家的形成發(fā)展，客觀上都有不可低估的意義。它無疑是保證近代中國西部疆域安全的一項(xiàng)重要舉措。清王朝在當(dāng)時(shí)民族矛盾、社會矛盾十分激化的背景下，能夠收復(fù)新疆，并建立新疆行省，將府縣制度全面推行于全疆，這顯然是中國歷史上應(yīng)予肯定的一件大事。